Antes da participação em 2014, o Sampaio disputou a Série B pela última vez em 2002, quando terminou rebaixado. O Tricolor permaneceu por quatro temporadas consecutivas no torneio, após ser campeão invicto da Série C em 1997. Entretanto, naquela temporada, com 25 jogos disputados, o time maranhense conquistou apenas sete vitórias, quatro empates e acumulou 14 derrotas no torneio.

Eloir marcou o gol do empate contra o Macaé
(Foto: Biaman Prado/O Estado)

Com apenas 25 pontos conquistados, os maranhenses terminaram o torneio na 23ª posição, caindo para a Série C. Além do Sampaio, naquela temporada caíram AmericanoRJ, Botafogo-SP, Guarany-CE, XV de Piracicaba e Bragantino. Desde então, o Tricolor disputou seis edições da Série C, considerando a temporada de 2013.

Na primeira tentativa de retornar para a Série B, em 2003, o torneio ainda contava com 93 times, divididos em grupos regionais. O Sampaio conseguiu a classificação em sua chave, junto com o Imperatriz, eliminando o Santa Inês. Na segunda fase, novo confronto contra uma equipe maranhense, diante do Viana. No jogo de ida, vitória por 2 a 0 dos vianeses, com empate em 1 a 1, que resultou na eliminação do Tricolor. O Viana caiu diante do Imperatriz na terceira fase, que posteriormente foi eliminado pelo Tuna Luso na quarta fase daquele ano.

Em 2004, nova tentativa de acesso e o Sampaio avançou para a fase decisiva junto com o rival Moto, deixando para trás Tuna Luso e Castanhal. Na segunda fase o Tubarão teve pela frente o Parnahyba e após um empate fora de casa em 1 a 1, com novo empate, mas sem gols em casa, a equipe avançou para a terceira fase. Pela frente, o Limoeiro, que eliminou o Moto. No confronto contra os cearenses, vitória por 3 a 2 em casa, mas derrota por 2 a 1 fora de casa, que custou a eliminação da equipe.

Rebaixamento para a Série D e renascimento
As tentativas do acesso para a Série B cessaram em 2005 e 2006, quando o Sampaio não conseguiu a qualificação para a disputa da Série C. Somente em 2007 o Tricolor voltou ao torneio, avançando na primeira fase junto com o Barras-PI. Entretanto, na fase seguinte a equipe ficou em terceiro no seu grupo e novamente foi eliminada. A saga do Tubarão em 2008 foi semelhante, com o time avançando na primeira fase, mas terminando em terceiro no grupo da fase seguinte e sendo eliminada.

Sampaio foi campeão da Série D em 2012 (Foto: Bruno Alves)

A temporada de 2009 foi a mais dramática nesta jornada do Sampaio. A equipe maranhense somou apenas nove pontos na fase de grupos da Série C e terminou rebaixada para a Série D. Foram três anos na Série D, coincidentemente criada em 2009. Nas duas primeiras participações, em 2010 e 2011, o Tricolor chegou até a fase decisiva, mas foi eliminado na partida que antecedia a fase decisiva para o acesso. Até que em 2012, com uma campanha invicta, de 12 jogos (sete vitórias e cinco empates) o time maranhense além de conquistar o acesso para a Série C, também foi campeão da competição.

No confronto decisivo pelo acesso, o Sampaio encontrou o Macaé e venceu o primeiro jogo por 5 a 3, no Castelão lotado com 40 mil torcedores. No segundo jogo da decisão, apesar do gol de William, que assustou os torcedores maranhenses, Eloir logo empatou o jogo, que não saiu do 1 a 1, para garantir o retorno do Sampaio à Série B, 11 anos após o rebaixamento.