A atual gestão do governo do Maranhão tem se deparado consecutivamente com situações constrangedoras e irregulares, cometidas pelo governo passado. Exemplo disso foi o que foi detectado na área do transporte escolar, especificamente no que se trata ao transporte dos indígenas, no qual o governo de Flávio Dino encontrou uma dívida de mais de R$ 7,5 milhões, referente ao transporte escolar de 2014, herdada do governo Roseana Sarney. Uma auditoria do Tribunal de Contas do Estado (TCE) apontou várias irregularidades no repasse dos recursos para pagamento do transporte escolar que era realizado diretamente para as associações indígenas. Foram detectados valores abusivos pagos a entidades privadas, que não tem o dever jurídico de realizar o transporte escolar.
Diante disso, o governador Flávio Dino, instituiu um decreto que disciplina e regulamenta o repasse de recursos aos Caixas Escolares para manutenção do Transporte Escolar Indígena dos alunos da rede pública estadual, a fim de melhorar o serviço. Além disso, instituiu uma equipe específica para tratar do transporte em cada Unidade Regional e nas escolas que realizarão a gestão dos recursos específicos, a fim de orientar, acompanhar e fiscalizar os serviços, para evitar irregularidades.
Na área pedagógica, foi firmado um convênio com Universidade Estadual do Maranhão (Uema), para oferta do curso de Licenciatura Intercultural Bilíngue para os professores indígenas. Ainda nesta área, a Seduc garante, atualmente, apoio à formação superior de 62 professores indígenas na Universidade Federal do Estado de Goiás e outros 13 professores indígenas participam da Rede de Formadores, criada pela atual gestão para garantir a formação de professores do sistema estadual de ensino.
Em articulação com o Fundo das Nações Unidas para a Infância (Unicef), o Estado também desenvolverá, neste ano, uma série de ações voltadas para a melhoria da educação escolar indígena.